Si tu lis l'article que j'ai mis en lien ci-dessus tu trouveras :
"Les absences pour maladie, en une ou plusieurs fois, jusqu'à une durée totale de 2 mois pendant la période de référence, sont considérées comme temps de travail effectif pour le calcul de la durée des congés."
Pour ton cas le mieux serait de solder tes congés restant par une indemnité compensatrice pour les congés de N-1, de conserver le droit à congé acquis en N qui passerons en N-1 au 1/6.
En N tu devrais avoir acquis des jours de juin à novembre 2014.