je suis actuellement en congé maternité sur ma fiche de paye le comptable marque des charges qui sont négatives , est-ce normal?
de plus lorsqu'on est en congé maternité ou en maladie faut-il tenir compte de la prime d'ancienneté? merci de vos réponses

Oui c'est normal, il s'agit de la part salariale de la cotisation forfaitaire maladie. Sinon tu n'aurais plus de mutuelle.
La prime d'ancienneté est incluse à la base brute servant au calcul des IJ.